Τα προγράμματα αυτά αφορούν προτεραιότητες που συναποφασίζονται μεταξύ της Ευρωπαϊκής Ένωσης και της Κύπρου στα πλαίσια ευρύτερων αναπτυξιακών προγραμμάτων. Συγχρηματοδοτούνται τόσο από τον Κοινοτικό όσο και από τον Κρατικό προϋπολογισμό. Δεν απαιτείται η διεθνική διάσταση και επομένως κυπριακοί φορείς μπορούν να συμμετέχουν από μόνοι τους. Η κεντρική διαχείριση των προγραμμάτων αυτών γίνεται στην Κύπρο με δικαίωμα ελέγχου από την Ευρωπαϊκή Ένωση.